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Le présent article est le second élément d'un dossier en deux parties qui présente les principaux enseignements d'une analyse juridique et fonctionnelle des dispositions du du traité de Lisbonne qui ont trait aux différents enjeux de sécurité.

Pour la première partie, voir : Principaux enseignements tirés d’une analyse juridique et fonctionnelle du traité de Lisbonne (1)

C - La volonté de mise en articulation et en cohérence de l'ensemble des politiques de l'Union ayant un impact en matière stratégique et/ou sécuritaire se manifeste également vis-à-vis de son action extérieure, ce que consacre à la fois l'établissement d'un Titre spécifique unique (le Titre V) au sein du TUE et l'établissement d'une Partie spécifique unique (la 5ème partie) au sein du TFUE ; l'objectif étant de faire de l'Union un acteur global dans le monde, et pas uniquement en tant que puissance normative de référence.
Figurant aux cotés de la politique commerciale internationale, de la politique de coopération au développement, et de la politique d'aide humanitaire, la PESC ne constitue plus un pilier spécifique de l'Union : elle est partie intégrante de cet ensemble que constitue l'action extérieure de l'Union, bien qu'elle bénéficie encore d'un régime de procédures spécifique (dont les dispositions sont explicitées à la fois dans le chapitre 2 du Titre V du TUE, et dans un certain nombre de protocoles et déclarations. Il est à noter qu'aucun Titre ne lui est spécifiquement dédié dans la 5ème partie du TFUE consacrée à l'action extérieure de l'Union). La PESC couvre l'ensemble des questions relatives à la sécurité de l'Union, que ce soit des questions ayant trait à la sécurité à l'intérieur de ses frontières, à ses frontières ou en dehors de ces dernières.
Cependant, cette tentative de mise en articulation et en cohérence semble rendue d'autant plus difficile que les Etats ont attribué à l'Union dans ce très vaste domaine de l'action extérieure des compétences de nature fondamentalement différentes dont la mobilisation au travers de procédures extrêmement variées ne favorise ni une mobilisation, ni une articulation, ni une mise en cohérence spontanées des instruments programmatiques (tels que l'instrument de stabilité ou le FED, par exemple) et des instruments capacitaires de nature opérationnelle qui leurs sont / seront dédiés (qu'il s'agisse des capacités nationales ou des capacités de l'Union dédiées à la PESC, ou encore des capacités civiles et militaires nationales dédiées à la PSDC).
Le traité consacre un élargissement des missions de Petersberg qui couvrent désormais non seulement les missions humanitaires et d'évacuation, les missions de maintien de la paix et les missions de forces de combat pour la gestion des crises, y compris les missions de rétablissement de la paix, mais aussi des actions conjointes en matière de désarmement, les missions de conseil et d'assistance en matière militaire, les missions de prévention des conflits et les opérations de stabilisation à la fin des conflits. C'est-à-dire tout l'éventail des interventions extérieures « ayant des implications militaires ou en matière de défense », à l'exception des interventions constitutives d'un « acte d'agression » à l'égard d'un tiers.
Il établit également la politique de sécurité et de défense commune - la PSDC -.
Dans le cadre de cette nouvelle politique qui a vocation a se substituer à la politique européenne de sécurité et de défense - PESD - (laquelle n'a fait l'objet d'aucune disposition dans un traité), le traité introduit une clause d'assistance mutuelle qui crée un devoir d'aide et d'assistance « par tous les moyens » si un Etat membre est l'objet d'une « agression armée » sur son territoire ; innovation des plus fondamentale qui semble consacrer l'ouverture des missions conduites dans le cadre de la PSDC au territoire de l'Union si l'on se base sur l'interprétation la plus extensive de la disposition de l'article 42 TUE selon laquelle « L'UE peut y avoir recours dans des missions en dehors de l'UE afin d'assurer le maintien de la paix, la prévention des conflits et le renforcement de la sécurité internationale conformément aux principes de la charte des Nations unies. [...] ». Force est de relever que cette clause n'a cependant pas une portée comparable à celle de l'article 5 du traité de Bruxelles modifié, la référence à la défense collective dans le cadre de l'OTAN qui figure dans l'alinéa qui suit ne lui donnant la valeur que d'un simple principe.
Plus fonctionnelle, la clause de solidarité en cas d'attaque terroriste ou de catastrophe naturelle ou d'origine humaine sur le territoire d'un Etat membre ouvre le recours aux moyens civils et militaires de l'Union et des autres Etats membres si l'Etat qui en serait victime en formule la demande. L'Union acquiert ainsi une compétence et une légitimité pour intervenir sur le territoire d'un de ses Etats membres confronté à une situation d'urgence.
S'agissant de la mise en œuvre la PSDC, le traité multiplie les possibilités d'avancer selon des formats différenciés : la coopération structurée permanente, la coopération renforcée, les mécanismes de différenciation développés dans le cadre de l'Agence européenne de défense (AED), ainsi que la disposition qui stipule que le Conseil peut confier la réalisation d'une mission en matière de sécurité et de défense commune à un groupe d'Etats membres qui le souhaitent et qui disposent des capacités nécessaires pour une telle mission.
Par ailleurs, pour la première fois, le traité évoque la définition d'une politique européenne de capacités et d'armement à laquelle l'AED est invitée à participer.
Cet ensemble de dispositions présente un atout politique majeur à la veille du grand rendez-vous de l'Alliance atlantique de 2009 : celui de montrer que les Européens s'emploient à rationaliser leur système de défense et seront capables d'offrir à l'OTAN les capacités qui lui sont nécessaires et que les Etats ne parvenaient jusqu'ici à lui fournir à partir de leur cadre national et des coopérations multilatérales ou ad hoc dans lesquels ils se sont engagés.
Pour autant, mal utilisé, ce système peut produire une « Europe de la défense » à la carte qui pourrait perdre en cohérence et en efficacité, plutôt qu'une véritable politique européenne de défense commune articulée sur les autres politiques et instruments que développent l'Union européenne pour devenir et s'exprimer en acteur global, pleinement souverain et autonome dans ses analyses, ses décisions et ses initiatives.
Dans les limites fixées par les Etats membres ! Or un certain nombre de déclarations annexées aux deux traités et aux protocoles additionnels établissent à cet égard des rappels révélateurs de cet esprit, notamment les suivantes :
Déclaration n° 31 :
" En plus des règles et procédures spécifiques visées à l'art. 24 TUE, par. 1, la Conférence (entendre ici, la Conférence des représentants des Etats membres) souligne que les dispositions portant sur la PESC, y compris pour ce qui est du HRAEPS ainsi que du service pour l'action extérieure, n'affecteront pas la base juridique existante, les responsabilités ni les compétences de chaque État membre ce qui concerne l'élaboration et la conduite de sa politique étrangère, son service diplomatique national, ses relations avec les pays tiers et sa participation à des organisations internationales, y compris l'appartenance d'un État membre au Conseil de sécurité des Nations Unies.
La Conférence note par ailleurs que les dispositions couvrant la PESC ne confèrent pas de nouveaux pouvoirs à la Commission de prendre l'initiative de décisions ni n'accroissent le rôle du Parlement européen.
La Conférence rappelle aussi que les dispositions régissant la PSDC n'affectent pas le caractère spécifique de la politique de sécurité et de défense des États membres."
Déclaration n° 32 : 
" La Conférence confirme que le fait que l'UE a une personnalité juridique n'autorisera en aucun cas l'Union à légiférer ou à agir au-delà des compétences que les État membres lui ont attribuées dans les traités."
Déclaration n° 37 :
" La Conférence souligne que, conformément à la jurisprudence constante de la Cour de justice de l'Union, l'article 352 TFUE [clause de flexibilité] qui fait partie intégrante d'un ordre institutionnel basé sur le principe des compétences d'attribution, ne saurait constituer un fondement pour élargir le domaine des compétences de l'Union au-delà du cadre général résultant de l'ensemble des dispositions des traités, et en particulier de celles qui définissent les missions et les actions de l'Union.
Cet article ne saurait en tout cas servir de fondement à l'adoption de dispositions qui aboutiraient en substance, dans leurs conséquences, à une modification des traités échappant à la procédure que ceux-ci prévoient à cet effet.
Aussi apparaît-il indispensable de procéder à une analyse rigoureuse de l'un ou l'autre des mécanismes évoqués ci-dessus avant d'entreprendre leur mise en place, ne serait-ce que pour établir les modalités les mieux appropriées à leur mise en œuvre effective."

D - Au-delà des dispositions de nature strictement institutionnelles qui figurent au traité, l'Union doit encore fixer les principes, les objectifs et les règles, avant la mise en œuvre du traité, sur la base desquels ses institutions s'organiseront pour œuvrer à la fois en toute sécurité et en toute responsabilité, au profit des missions et en vertu des compétences qui leur sont assignées par le traité (règlements intérieurs et règlements de sécurité spécifiques aux institutions, règlements relatifs aux échanges de personnels et aux transferts de données classifiées entre les institutions, principes et règles comitologiques qui gouverneront les décisions de l'Union)
Dans un traité qui multiplie la référence à des concepts dont la signification et la portée ne semblent ni harmonisées ni homogènes selon le domaine où ils sont utilisés, interroger leur origine constitue en soi une nécessité première qui ne semble pas avoir été prise en compte par les rédacteurs du traité. Alors que la notion de « sécurité européenne » est absente du traité, et que ce dernier omet toute référence à la « stratégie européenne de sécurité », l'introduction de la notion de « sécurité nationale » qui ne fait l'objet d'aucune définition commune en Europe, comme la variété des qualificatifs attachés aux notions d'intérêts et d'objectifs, suffisent à elles-seules à illustrer cette nécessité.
A l'exception du registre de la protection civile (et on peut se demander quelles en sont les raisons), les Etats ont attribué à l'Union au travers du traité de Lisbonne une compétence partagée pour l'ensemble des domaines et matières ayant trait aux dimensions de la Sécurité qui figurent au traité. Or, telle qu'elle est définie, cette forme de compétence est porteuse d'ambiguïtés, quand bien même le traité tente d'en limiter les effets en stipulant à son égard : « les Etats membres exercent leur compétence dans la mesure où l'Union n'a pas exercé la sienne » ; « les Etats membres exercent à nouveau leur compétence dans la mesure où l'Union a décidé d'exercer la sienne » ; « lorsque l'Union mène une action dans un certain domaine, le champ d'application de cet exercice de compétence ne couvre que les éléments régis par l'acte de l'Union en question et ne couvre donc pas tout le domaine ».
Or, la multiplication des présidences (Président permanente du Conseil européen, Président permanent de la Commission européenne, Président permanent du Conseil des affaires étrangères, Président permanent de l'Eurogroupe, Président tournant du Conseil des affaires générales, Président tournant des autres formations du Conseil) et des cadres de procédures (ordinaire, spéciales) institués par le traité de Lisbonne, quand bien même elle trouve des justifications juridiques et techniques incontestables, risque de toute évidence de participer sinon à une neutralisation des initiatives, tout au moins, à nourrir des tentations de conférer à un cadre de décisions et de procédures plutôt qu'à un autre la responsabilité de l'initiative et de la proposition, au risque déjà bien réel de conduire à des procédures visant à l'annulation de décisions qui auraient été prises dans un cadre que la Cour de Justice de l'Union jugerait inapproprié parce que non-conforme à son interprétation des dispositions du droit primaire établi par les traités (cf. par exemple l'arrêt pris par la Cour de Justice dans l'affaire C-91/05, sur la plainte de la Commission, qui annule la décision 2004/833/PESC relative au soutien financier par l'UE de la CEDEAO dans le cadre du moratoire sur les armes légères et de petits calibres, laquelle « doit être annulée parce qu'elle empiète sur les pouvoirs de la Communauté dans le domaine de la coopération au développement, et ne respecte donc pas l'article 47 du traité sur l'UE ». Un tel arrêt illustre les débats autour des compétences en matière de contrôle des exportations d'armement, dans un contexte juridique qui confère une compétence communautaire dans les domaines du commerce international, du marché intérieur et de la politique industrielle, laquelle permet à la Commission d'établir un cadre contraignant, notamment sous la forme de règlements ou de directives, là où les gouvernements nationaux privilégient encore le recours à des dispositions non contraignantes - de type code de conduite-, en se retranchant derrière l'écran de protection que constitue encore l'article 296 TCE.)
Aux difficultés évoquées ci-dessus s'en ajoutent d'autres, de nature plus fondamentalement politique, tenant notamment à la multiplication des possibilités d'initiatives à géométrie variable sous des régimes divers ainsi qu'à la prolifération des clauses dérogatoires (opt out / opt in) qui exonèrent certains Etats membres de toute obligation de se conformer aux règles, principes, objectifs et actes décidés par l'Union, et partant, interdisent à celle-ci, à ses Etats membres, à ses acteurs économiques et sociaux, à ses citoyens comme à ses partenaires internationaux, de tirer pleinement avantage du modèle original d'unité juridique et politique qui constitue pourtant le déterminant premier du projet politique qui fonde le processus de construction européenne : « une Union sans cesse plus étroite ».
En outre, l'introduction d'une clause de sortie de l'Union (cf. l'article 50 TUE) ajoute à ces difficultés un élément supplémentaire qui appelle à s'interroger sur la capacité de l'Union de préserver ses intérêts et atteindre ses objectifs stratégiques dans l'hypothèse où l'un de ses Etats membres, en se retirant, la priverait soudainement du bénéfice de capacités stratégiques non substituables ou non compensables.
Eu égard au caractère irréversible de telles évolutions, certains suggèrent de systématiser cette diversité de facto et d'en tirer les conséquences qui s'imposent dans la formation de cercles concentriques - partial membership - avec des droits correspondant aux obligations attachées à une interdépendance voulue, décidée, organisée et assumée au sein de l'Union.
Se pose alors la double question de la « gouvernabilité » effective de l'ensemble des institutions, et de la « gouvernance » des initiatives, organes, politiques et instruments qui ont trait aux dimensions politique, stratégique et sécuritaire des politiques et des actions internes et externes de l'Union, tout au long du processus décisionnel dans un contexte où la différenciation deviendrait peu ou prou la règle et où la logique intergouvernementale l'emporterait sur la logique communautaire. Deux questions qui trouvent leur paroxysme lorsque le volet externe de politiques, de décisions ou d'actions à vocation interne chevauchent les politiques, les décisions ou les actions à vocation externe (ce qui peut être le cas, typiquement, pour le volet externes des politiques et actions relevant du domaine de l'espace de Liberté, de Sécurité et de Justice, en particulier sur les registres de la Sécurité intérieure, de la Sécurité nationale, de l'asile ou de l'immigration) ou lorsque les politiques et les missions qui relèvent du domaine de l'action extérieure comportent une dimension interne pouvant « télescoper » des politiques, des décisions ou des actions à vocation interne (clause de solidarité, PSDC, ....).
La nouvelle attribution et la nouvelle répartition des compétences établies par le traité de Lisbonne doivent encore être étayées par des actes politiques et des processus comitologiques appropriés à la nature spécifique des domaines ayant des implications fortes en matière de sécurité ou dans les domaines stratégiques, militaires ou diplomatiques.